Klinik Lingkungan dan Mitigasi Bencana bekerja sama dengan beberapa laboratorium dibawah Fakultas Geografi Universitas Gadjah Mada untuk berbagai keperluan penelitian sebagai berikut :
Laboratorium Hidrologi Klimatologi Lingkungan
Laboratorium Hidrologi dan Klimatologi Lingkungan (HKL) merupakan gabungan dari tiga laboratorium yang sudah ada sebelumnya di Fakultas Geografi yaitu (1) Laboratorium Hidrologi dan Kualitas Air, (2) Laboratorium Geohidrologi; serta (3) Laboratorium Hidrometeorologi dan Kualitas Udara.
Penggabungan ini dipandang perlu untuk dapat meningkatkan pelayanan dan penelitian di bidang hidrologi dan klimatologi yang lebih komprehensif di masa mendatang. Laboratorium HKL berfungsi sebagai laboratorium pendidikan, penelitian dan pelayanan yang telah terakreditasi KAN dan berkelas internasional, mengabdi kepada kepentingan bangsa untuk mendukung kegiatan pembelajaran, riset, dan pelayanan kepada masyarakat.
Laboratorium Geomorfologi Lingkungan dan Mitigasi Bencana
Laboratorium Geomorfologi Lingkungan dan Mitigasi Bencana merupakan laboratorium di bawah departemen Geografi Lingkungan. Laboratorium GLMB memiliki visi menjadi laboratorium unggulan bidang geomorfologi lingkungan dan mitigasi bencana bertaraf internasional untuk mewujudkan pembangunan berkelanjutan. Fasilitas Laboratorium GLMB berupa alat-alat survei geomorfologi dan laboratorium uji tanah yang dapat dimanfaatkan oleh civitas akademika UGM ataupun umum.
Selain melaksanakan pendidikan di lingkungan UGM, Laboratorium GLMB juga membuka pelatihan dan kursus tentang geomorfologi dan kebencanaan secara rutin. Laboratorium ini membawahi bidang ilmu Geomorfologi Pesisir, Geomorfologi Karst, Geomorfologi Lingkungan, Geografi Tanah, Manajemen Bencana.